Rubijales je zajedno sa nekolicinom bivših saradnika u RFEF osumnjičen za finansijske malverzacije i pribavljanja materijalne koristi iz ugovora koji je ta organizacija svojevremeno potpisala sa Saudijskom Arabijom.
U septembru 2019. godine, RFEF je potpisao šestogodišnji ugovor sa Saudijcima vredan 240.000.000 dolara kako bi mečevi Superkupa Španije bili igrani u toj zemlji Bliskog istoka, i to u narednih šest godina.
Posrednik u ovom poslu bila je kompanija "Kosmos", kojom rukovodi bivši fudbaler Barselone i španske reprezentacije Đerar Pike, a ta firma je za posredovanje dobila 24.000.000 evra.
Rubijales se već neko vreme nalazio u Dominikanskoj Republici, pa je Civilna garda mogla da ga uhapsi tek nakon njegovog povratka u zemlju.
U međuvremenu, zbog poznatog skandala na dodeli medalja fudbalerkama Španije, kada je u usta polubio jednu od njih, Rubijales je razrešen dužnosti i protiv njega je podneta krivična prijava za seksualno uznemiravanje. Zvanično je podneo ostavku na mesto predsednika RFEF u septembru 2023. godine.
Ukoliko se dokažu tvrdnje o finansijskim malverzacijama, Rubijalesu slede novi veliki problemi.