Nakon što se u medijima pojavila vest da bi Beograd mogao da proglasi okupaciju Kosova i Metohije zbog sve agresivnijih akcija Prištine protiv Srba, aktuelizovao se stav Srpske pravoslavne crkve još iz 2005. godine.
Na proglašenje okupacije na Kosovu i Metohiji pozvao je Sveti arhijerejski sabor još 2005. godine. Bilo je to u trenutku kada je Savet bezbednosti Ujedinjenih nacija predložio da otpočnu razgovori o utvrđivanju "konačnog statusa" Kosova i Metohije.
Sveti arhijerejski sabor Srpske pravoslavne crkve, pod vođstvom patrijarha Pavla, sa svog vanrednog zasedanja, uputio je poruku kojom se traži da se "uzme u obzir interes svih građana" koji žive na ovom području, jer "hleba, sunca, vode i ljubavi Božje na Kosovu i Metohiji ima za sve nas".
Istovremeno je uputio i zahtev: "Ukoliko bi se desilo, ne daj Bože, da bilo kakvo rešenje bude nametnuto, Sabor očekuje da Skupština Srbije obznani celom narodu da je izvršena nelegitimna i nelegalna okupacija jednog dela naše nacionalne teritorije."
Patrijarh Pavle obratio se javnosti 4. novembra 2005. rečima da se Sveti arhijerejski sabor Srpske pravoslavne crkve neodstupno moli Gospodu i uzda se da se u ovom odsudnom času, kad započinju razgovori o statusu Kosova i Metohije, najodgovornije države sveta i ukupna međunarodna zajednica neće ogrešiti o Božje i ljudske zakone, ni oglušiti o pravo i pravdu na kojima počiva međunarodni poredak.
"Samo tako će pravda i istina nadjačati samovolju i obeshrabriti nasilje. Sabor napominje da je u dosadašnjoj ljudskoj istoriji bilo prokleto sve što je oteto. Ni sada ne bi bilo drukčije", poručio je tada patrijarh Pavle.
A onda upozorio i napomenuo, gotovo proročanski: "Na jeziku pravde i međunarodnog prava svaka pomisao da se otme Kosovo i Metohija značila bi da se pred očima celog sveta u 21. veku, jednoj demokratskoj državi usred Evrope, silom oduzima deo teritorije, koja uz to važi i kao njena duhovna kolevka. I, ma koliko bi to bilo prikriveno, taj čin otimanja imao bi suštinski karakter okupacije. Suvišno je pominjati kakve bi to posledice moglo imati ne samo za Srbiju i Crnu Goru, nego i za budućnost Evrope i sveta. Jedino se dogovorom može doći do kompromisnog i pravičnog rešenja. Mi ne tražimo ništa drugo nego da se pitanje Kosova i Metohije reši na isti način na koji su i druge evropske demokratske države rešile slična pitanja."
Na kraju patrijarh Pavle se još obratio svojoj duhovnoj deci, vernicima Srpske pravoslavne crkve, s porukom: "Budite verni, hrabri i jedinstveni! Čuvajmo svoju dušu i savest! Tako će biti sačuvana i sveta, mučenička zemlja naših časnih predaka."
Zdravlje patrijarha tada je već bilo narušeno, pa je od tada povremeno bio na lečenju u Vojnomedicinskoj akademiji. Nije dočekao da Srbija proglasi okupaciju, a 2008. kada je tzv. Kosovo proglasilo nezavisnost, bio je toliko narušenog zdravlja da se podneo molbu da se povuče iz aktivne službe.
Sveti arhijerejski sabor nije tu molbu prihvatio, pa je patrijarh Pavle ostao na čelu SPC sve do novembra 2009. kada je preminuo u snu.