Pupin je preminuo na današnji dan 1935, umro je istog martovskog dana kada je iz Nemačke krenuo u "Obećanu zemlju". Krug se tako zatvorio, a njegov poslednji intervju dat nekoliko dana pre smrti, objavljen je samo 48 sati kasnije u "Njujork tajmsu".
U intervjuu Pupin govori o životu posle smrti i izražava veru u božanski plan: "Nauka nam daje mnogo osnova za razumnu nadu da je naš fizički život samo mena u postojanju naše duše. Zakon kontinuiteta i opšti naučni pogled na Univerzum naginju ka jačanju našeg uverenja da duša nastavlja da postoji i posle smrti".
Pupin se u Americi obreo, gotovo "slučajno", posle neuspešnog školovanja u Pragu. Grizla ga je savest zbog stipendije koju je dobio od crkvene opštine Pančevo, a rezultata nije bilo jer nije učio. Hodajući ulicama Praga na jednom kiosku, primetio je časopis sa reklamom za jeftin prevoz parobrodom, trećom klasom, na relaciji Hamburg–Njujork.
Tada je doneo odluku koja će zauvek promeniti njegov život. Prodao je sve što je imao: šubaru, kožuh, toplu zimsku odeću, sat i knjige, pa kupio najjeftiniju moguću kartu. Napisao je majci pismo u kojem je obaveštava o odlasku za Ameriku, pa se 12. marta 1874. ukrcao na brod "Vestfalija" na severu Nemačke koji će ga dovesti do Novog sveta.
Njujork je već bio pogođen velikom ekonomskom krizom – ulicama je lutalo na hiljade nezaposlenih. Ali, mladi Idvorac bio je spreman da prihvati teške fizičke poslove kako bi preživeo. Čistio je podrume i sneg ispred kuća, utovarao ugalj za pola dolara po toni, farbao brodove u luci, lepio tapete… a svaki slobodan trenutak koristio je za odlazak u biblioteku i čitanje knjiga. U Njujorku je funkcionisala socijalna pomoć, a siromašnima je deljena besplatna čorba od pasulja i crni hleb. Pupin je povremeno bio prinuđen da koristi ovu pomoć.
I tako, jednog septembarskog dana (1879.) kao dvadeset petogodišnji mladić, došao je na prijemni ispit na Kolumbija koledžu. Nekoliko dana kasnije dobio je obaveštenje iz sekretarijata: "Primljeni ste na naš koledž". Ne samo da je primljen, već je njegovo školovanje bilo besplatno. Dobio je stipendiju.
Kasnije je dobio stipendiju koja mu je omogućila dalje usavršavanje na Univerzitetu Kembridž gde pohađa kurs matematike, 3 semestra. Potom dobija novu stipendiju u vrednosti oko 650 dolara godišnje za doktorske studije u Berlinu. Vraća se u Ameriku i postaje profesor na Kolumbiji. Sve ostalo je istorija.
Međutim, u Berlinu mu se desila još jedna važna stvar. Pred završetak studija Pupin se zaljubio u Katarinu Saru Džekson, sestru svog američkog kolege koja je sa majkom i sestrom boravila u Evropi. Ljubav je bila obostrana, pa se mladi par venčao u grčkoj pravoslavnoj crkvi u Londonu, krajem oktobra 1888, iste godine kada su se i upoznali. Pupin i Katarina bili su u braku sâmo osam godina jer je ona iznenada preminula. U tom braku dobili su ćerku Varvaru.
Pojedini istraživači tvrde da su se posle četvoromesečnog rada sa Iks-zracima, bez zaštitne odeće, Pupin i njegova supruga koja je pratila eksperimente i vodila beleške tokom istraživanja, teško razboleli. Pupin je otkrio sekundarno zračenje, poboljšao kvalitet rendgenske slike i višestruko smanjio vreme snimanja pacijenata. Taj metod je našao široku primenu i još uvek se upotrebljava. Katarina Sara je ubrzo preminula, a Pupin je jedva preživeo. On se oporavljao u vikendici u Norfolku kod doktora sa kojim je sarađivao tokom eksperimenata, tu se zalečio zahvaljujući svežem planinskom vazduhu i dugim šetnjama; a kada se obogatio izumom za povećanje dometa telefonskih veza i omogućio komunikaciju ljudi na velikim daljinama, kupuje imanje u Norfolku.
Drugi istraživači tvrde da se te godine u Njujorku pojavio novi virus. Mihajlo Pupin se razboleo od virusne upale pluća, a prethodno su se razboleli i njegova ćerka Varvara, kao i Sarina deca iz prvog braka; supruga se razbolela kad i on. Katarina Sara, iako je imala pomoć medicinskih sestara, sve vreme je bdela pored dece i muža, dok i nju jednog jutra nisu pronašli onesvešćenu i iscrpljenu od bolesti koja ju je ophrvala. Umrla je u subotu, 25. aprila 1896. U trenutku njene smrti, Pupin je još uvek bio veoma slab i bolestan.
Pupin je uložio dosta novca za izgradnju kuće na svom imanju. U raskošnu kuću u Norfolku svraćale su, pored profesora sa Kolumbije, američki industrijalac Endru Karnegi, Edison, Rendgen, srpski zet Albert Ajnštajn, Mark Tven, Džordž Vestinghaus i njegov brat, Pupinov sekretar Jovan Kajganović, kao i mladi episkop žički Nikolaj Velimirović i slikar Paja Jovanović.
Pored brige o Varvari, on je vodio računa i o svojoj usvojenoj deci koje je Katarina dobila u prethodnom braku. Pupin joj je bio drugi muž. Usvojeni sin bio je Frederik Agate (Frederick J Agate), (1880 – 1951), a ćerka Meri Virdžin Agate (Mary Virginia Agate), (1882 – 1950). Posle smrti supruge, on je vodio računa o njima, pripremao ih za život, brinuo o njihovom školovanju, ženidbi i udaji.
Njegov dvorac u Norfolku bio je poznat kao domaćinska kuća gde su emigranti iz Starog Zavičaja mogli da nađu prvi posao. Na imanju su radili brojni Srbi, uzgajali su povrće i voće i brinuli o životinjama. Ovo imanje, on je često zvao "moj američki Idvor", a poslednji živi svedok Pupunove nesebične dobrote bila je Meri Bakalić, koja je govorila o njemu kada je postavljena Pupinova bista (21. maja 2004.) na Kolumbija koledžu. Pričala je kako je Pupin zaposlio njenog oca koji je ostao udovac sa šestoro male dece.
"Da nije bilo Pupina, ne znam šta bismo radili, u kom pravcu bi išao naš život, bili smo skoro beskućnici…", govorila je Meri.
Ona je kao mlada devojka živela u Norfolku i pomagala mu u domaćinstvu. Kasnije je Meri Bakalić radila kao Pupinova negovateljica.
Treba napomenuti i da se Pupin nekoliko godina nakon smrti supruge Katarine Sare, zbližio i uplovio u emotivnu vezu sa Helen Hartli Dženkins. Oni su ostali zajedno sve do njene smrti – ona je umrla godinu dana pre njega. Helen je bila jedna od najbogatijih Amerikanki 20. veka, otac joj je bio magnat – vlasnik fabrike oružja "Remington". Kada su se upoznali, ona je već bila udovica.
Pupinova večna kuća nalazi se na groblju Vudlon, u Bronksu. Tu je sahranjena i njegova supruga Katarina Sara, kao i ćerka Varvara.