Pod pritiskom Kancelarije visokog predstavnika (OHR) i Ustavnog suda BiH, nakon potpisivanja Dejtonskog mirovnog sporazuma doneto je ukupno 114 odluka kojima je sa nivoa Republike Srpske na nivo BiH preneto 83 nadležnosti.
Ne uzimajući u obzir odredbe Ustava BiH, ni Ustava Republike Srpske, nadležnosti su sa Srpske prenošene na nivo BiH: odlukama visokog predstavnika, odlukama Ustavnog suda BiH, usvajanjem zakona u Parlamentarnoj skupštini BiH, te donošenjem podzakonskih akata Saveta ministara i drugih organa na nivou BiH, ali i uslovljavanjem međunarodnih organizacija i organa EU, navodi se u Analizi o oduzimanju nadležnosti Republike Srpske, koja je nakon današnjeg obraćanja predsednika Srbije Aleksandra Vučića dostavljena medijima.
U uvodnom delu Analize napominje se da Ustav BiH nije nastao kao rezultat političko-institucionalnog usaglašavanja i proglašenja u organima vlasti BiH, već je sadržan u Aneksu 4 Dejtonskog sporazuma, kojim je 1995. okončan građanski rat.
S obzirom na to da je Republika Srpska strana potpisnica jedanaest Aneksa Dejtonskog sporazuma, uključujući i Aneks 4, promena Ustava BiH ne sme da se dogodi bez saglasnosti ovog entiteta.
Najviše prenetih nadležnosti je izvršeno nametanjem tzv. bonskih ovlašćenja visokog predstavnika, čija funkcija je uspostavljena 1995. godine Aneksom 10 Dejtonskog sporazuma.
Tzv. bonska ovlašćenja, usvojena na Savetu za implementaciju mira u Bonu 1997. godine, poslužila su ORH-u kao osnova za nametanje zakona i smenjivanje pojedinaca na javnim funkcijama.
Republici Srpskoj je najviše nadležnosti oduzeto za vreme mandata visokog predstavnika Pedija Ešdauna, od maja 2002. do januara 2006, koji je svojim odlukama nivou BiH dodelio nadležnosti iz važnih oblasti finansija i monopola sile.
"Reformski proces 'izgradnje države' koji je Ešdaun sprovodio podrazumevale su: oporezivanje (kreiranje posebnog državnog tela za indirektno oporezivanje koje bi prikupilo i distribuiralo većinu poreza), pravosuđe, odbranu (kako bi se centralizovali upravljanje entitetskim oružanim snagama) i policija", navodi Analiza.
Visoki predstavnik Kristijan Švarc-Šiling je 2007. godine nametnuo izmene i dopune Zakona o sistemu indirektnog oporezivanja kojim je utvrđeno da prioritet u finansiranju imaju međunarodne obaveze BiH, zatim institucije BiH, pa Brčko Distrikt – kome je određen fiksni koeficijent raspodele – pa se tek onda preostala sredstva raspoređuju entitetima. Pre nametanja ovog Zakona, a u skladu sa Ustavom BiH, entiteti su doznačavali sredstva za finansiranje institucija BiH.
Početkom 1997. godine, započet je prenos nadležnosti u oblasti fiskalne politike, osiguranja, duga i stranih ulaganja. Kancelarija visokog predstavnika za BiH je Savetu ministara predala tzv. Biltov paket za brzi početak, koji je obuhvatao zakone o spoljnotrgovinskoj politici, carinskoj politici, spornom dugu, carinskoj tarifi i politici direktnih stranih ulaganja.
Oduzimanje nadležnosti iz oblasti bezbednosti, odlukama visokog predstavnika je usvojen Zakon o Savetu ministara, kojim je u taj savet uključen i ministar bezbednosti. U decembru 2003. godine visoki predstavnik predložio je Parlamentarnoj skupštini BiH usvajanje Zakona o obaveštajno-bezbedonosnoj agenciji BiH, kojim su van snage stavljeni entitetski zakoni, pre svega Zakon o obaveštajno-bezbedonosnoj službi Republike Srpske, čime je onemogućena funkcionalna zaštita ustavnog poretka Srpske.
Odlukom OHR iz 2000. godine nametnut je Zakon o državnoj graničnoj službi BiH, kojim je formirana Granična služba i određene njene nadležnosti u okviru Ministarstva civilnih poslova, a potom Ministarstva bezbednosti BiH. Ovim zakonom je došlo do preuzimanja graničnih prelaza, ukidanja policijskih stanica za kontrolu prelaska državne granice MUP-a Republike Srpske, a ekskluzivno pravo na izbor kadrova angažovanih na graničnim prelazima dobila je Državna granična služba.
Visoki predstavnik je nametnuo i Zakon o Sudu BiH, koji je stupio na snagu 5. decembra 2000. godine. Sud BiH je počeo da radi dve godine kasnije, kada je OHR imenovao prvih sedam sudija.
Odlukom visokog predstavnika Volfganga Petriča o donošenju Zakona o Visokom sudskom i tužilačkom savetu Republike Srpske, ukinuti su Visoki sudski savet i Visoki tužilački savet Srpske, a istim Zakonom potpuno je oduzeto pravo Narodnoj skupštini RS da bira i razrešava sudije i predsednike sudova, javne tužioce i zamenike javnih tužilaca.
Na značajnije promene dejtonske strukture BiH u velikoj meri je uticao i Ustavni sud BiH, na čiji rad visoki predstavnik ima presudan uticaj.
Ustavni sud BiH je, navodi se, preglasavanjem usvojio "Odluku o konstitutivnosti Bošnjaka, Srba i Hrvata na prostoru cele BiH", a ne na teritoriji entiteta, kako je propisao dejtonski Ustav.
Sporna "odluka o konstutivnosti" poslužila je kasnije za brojna nametanja amandmana na Ustave entiteta i do brojnih neustavnih zakona. Posebno je bila štetna po Hrvate u Federaciji, budući da ih je ostavila u nepovoljnom položaju u odnosu na većinske Bošnjake u tom entitetu. Time je faktički FBiH postala bošnjački entitet, jer su hrvatski poslanici preglasavani u federalnom parlamentu, a ministri u federalnoj vladi.
Ustavni sud BiH je 2020. godine doneo odluku o neustavnosti Zakona o poljoprivrednom zemljištu RS, prema kojem ono ne pripada nikome i postaje vlasništvo BiH, a ne entiteta Srpske.
Ustavom BiH je propisano da će državni nivo preuzeti "nadležnosti i za druge poslove" o kojima se entiteti dogovore. Ipak, napominje se, sporazumi koje zaključe dva entiteta, sami po sebi ne predstavljaju amandmane na Ustav BiH, niti se na taj način Ustav može menjati ili dopunjavati, što je potvrdio i Ustavni sud BiH 2006. godine.
Prema Analizi, u Srpskoj su prisutna tumačenja da ukoliko "nadležnost BiH za druge poslove" više nije predmet dogovora dva entiteta, državni nivo gubi pravo nadležnosti nad tim pitanjima. Na osnovu ovog tumačenja, sporazumi između entiteta su po svojoj prirodi politički dogovori, a ne ustavne izmene, iz čega proističe da svaki entitet ima pravo da se iz njih povuče.
FBiH i Republika Srpska potpisale su Sporazum o prenosu nadležnosti iz oblasti odbrane 2005. godine, kada je usvojen poseban Zakon o odbrani BiH, koji je stupio na snagu 1. januara 2006. godine, i Zakon o službi Oružanih snaga BiH.
U januaru iste godine ukinuta su entitetska ministarstva odbrane i vojske, te su zaposleni Ministarstva odbrane FBiH i Ministarstva odbrane Srpske nastavile svoj rad u okviru MO BiH.